Javascriptはクライアントサイドで動作するプログラムです。
柔軟な言語のせいかいろいろな書き方があってわけわかりません。
PHPはサーバサイドで動作するプログラムです。
PHP5は本格的なオブジェクト指向言語となり、PHP4のサポートも2007年いっぱいで終了のようですので PHP5に乗り換えたいのですが現在レンタルサーバはPHP5に対応しているところはあまりないので躊躇してしまいます。
MySQLはデータベースです。