[xamppインストールディレクトリ] mysql/bin/my.cnf
を編集してMySQLを再起動することで、InnoDBを作成できるようになります。

#skip-innodb# Uncomment the following if you are using InnoDB tablesinnodb_data_home_dir = C:/xampp/mysql/data/
innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend
innodb_log_group_home_dir = C:/xampp/mysql/data/
innodb_log_arch_dir = C:/xampp/mysql/data/
# You can set .._buffer_pool_size up to 50 - 80 %
# of RAM but beware of setting memory usage too high
set-variable = innodb_buffer_pool_size=16M
set-variable = innodb_additional_mem_pool_size=2M
# Set .._log_file_size to 25 % of buffer pool size
set-variable = innodb_log_file_size=5M
set-variable = innodb_log_buffer_size=8M
#innodb_flush_log_at_trx_commit=1
set-variable = innodb_lock_wait_timeout=50

とすればOKです。
skip-innodbが最初有効になっているので、#を頭につけてコメントにして、あとはしたにある設定のコメントをはずせばOK。

XAMPP環境でMySQLのInnoDBを有効にする