1. ウィルススキャンを止めなさい
　データベースファイルが格納されているフォルダ
　{workspace folder}/.metadata/.plugins/org.eclipse.dltk.core.index.sql.h2/
　もしくはそこのファイル（*.db）に対するウィルススキャンは止めなさい
2. 高速なHDDなりSSDなりを使いなさい
　...
3. 最新のJVM（JRE）を使いなさい
　...
4. 何か問題が生じたらデータベースを削除しなさい
　データベースが破損するとH2 Databaseはそれを修復しようとして時間を食うことがあります。ぶっちゃけそれは無駄だからさっさと削除しなさい。データベースはEclipse起動時に再構築されます。（超意訳）
5. バックアップソフトによるデータベースファイルの自動バックアップは止めなさい
　データベースは頻繁に更新され（てバックアップ対象にな）るけどバックアップするのは4.でも書いたように無駄だからバックアップは止めなさい

Five tips for speeding up Eclipse PDT and nWire - Dead Zone

1. Buildpathを適切に設定しなさい
　PHPファイルが存在しない（リソース用）フォルダなどはExcludeしなさい
2. IncludePathを適切に設定しなさい
　というか適切に設定されていることを確認しなさい
3. フレームワークなどの外部ライブラリをプロジェクト内に直接置くのはやめなさい
　そういうのはLibraryとして扱いなさい。プロジェクト内に置くとプロジェクトローカルなものとして扱われてしまいます
4. プロジェクトは適切に分割しなさい
　（巨大な）プロジェクトはサブプロジェクトに分割したりモジュール化したりしなさい
5. プロジェクトの設定はチーム内で共有しなさい
　プロジェクトフォルダ直下の"."で始まるファイルが設定ファイルだからシェアしなさい

Five (more) tips for speeding up Eclipse PDT - Dead Zone