Coreserver でコンソールを使う場合はデフォルトで php 5.2.6 が使われるのがNotice の原因だと思われます。

/Console/cake はテキストファイルですのでテキストエディタで開いて

exec php -q ～

となっているところを

exec /usr/local/bin/php53 -q ～

と明示的にコンソールでも php 5.3 系を使うように指定したところ少なくとも手元の環境では Notice は消えました。

まだ使い込んでいないので完全ではないかもしれませんが参考にどうぞ。

あ、あと補足ですが、コンソールではCGI版・モジュール版は関係ないと思います。仮にモジュール版に対応しても、２通りのバージョンの php がインストールされていて、デフォルトが今と同じ 5.2 系のままである限り、コンソールでは 5.2 系が選択されます。ということで、CGI・モジュール関係なく Notice が出続けると思われます。